Eawag data package ├── README.txt ├── File-List.txt (this file) ├── Figure 3 │   ├── Bioreactor data │   │   ├── A1601_10NO3_BCM_pH65.xlsx │   │   ├── A1601_10NO3_BCM_pH75.xlsx │   │   ├── FCM_data │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_1-2018-03-07-150001-1.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_10-2018-03-07-153201-10.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_11-2018-03-07-153535-11.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_12-2018-03-07-153908-12.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_13-2018-03-07-154241-13.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_14-2018-03-07-154615-14.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_15-2018-03-07-154948-15.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_16-2018-03-07-155321-16.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_17-2018-03-07-155655-17.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_18-2018-03-07-160028-18.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_19-2018-03-07-160401-19.fcs │   │   │   ├── 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-78e38793#15f01c2059a#-7fa6_UMIK-METROHM-IC_20171016-161924.txt │   │   ├── IC_raw_import_and_analysis.m │   │   └── SampleProcessing.m │   ├── Exposure to nitrite │   │   ├── lag_duration_65.xlsx │   │   └── lag_duration_75.xlsx │   └── Figure3.py ├── Figure 4 │   ├── EcoEvo │   │   ├── Invasion_from_rare_pH65.xlsx │   │   └── Invasion_from_rare_pH75.xlsx │   ├── Figure4.py │   └── Fluorescent colony photograps │   ├── IFR2_T0 │   │   ├── IFR2_T0_7B_B.JPG │   │   ├── IFR2_T0_7B_G.JPG │   │   ├── IFR2_T0_7C_B.JPG │   │   ├── IFR2_T0_7C_G.JPG │   │   ├── IFR2_T0_7D_B.JPG │   │   ├── IFR2_T0_7D_G.JPG │   │   ├── IFR2_T0_7E_B.JPG │   │   ├── IFR2_T0_7E_G.JPG │   │   ├── IFR2_T0_7F_B.JPG │   │   ├── IFR2_T0_7F_G.JPG │   │   ├── IFR2_T0_7G_B.JPG │   │   ├── IFR2_T0_7G_G.JPG │   │   ├── IFR2_T0_9B_G.JPG │   │   ├── IFR2_T0_9B_R.JPG │   │   ├── IFR2_T0_9C_G.JPG │   │   ├── IFR2_T0_9C_R.JPG │   │   ├── IFR2_T0_9D_G.JPG │   │   ├── IFR2_T0_9D_R.JPG │   │   ├── IFR2_T0_9E_G.JPG │   │   ├── IFR2_T0_9E_R.JPG │   │   ├── IFR2_T0_9F_G.JPG │   │   ├── IFR2_T0_9F_R.JPG │   │   ├── IFR2_T0_9G_G.JPG │   │   └── IFR2_T0_9G_R.JPG │   ├── IFR2_T1 │   │   ├── IFR2_T1_7B_B.JPG │   │   ├── IFR2_T1_7B_G.JPG │   │   ├── IFR2_T1_7C_B.JPG │   │   ├── IFR2_T1_7C_G.JPG │   │   ├── IFR2_T1_7D_B.JPG │   │   ├── IFR2_T1_7D_G.JPG │   │   ├── IFR2_T1_7E_B.JPG │   │   ├── IFR2_T1_7E_G.JPG │   │   ├── IFR2_T1_7F_B.JPG │   │   ├── IFR2_T1_7F_G.JPG │   │   ├── IFR2_T1_7G_B.JPG │   │   ├── IFR2_T1_7G_G.JPG │   │   ├── IFR2_T1_9B_G.JPG │   │   ├── IFR2_T1_9B_R.JPG │   │   ├── IFR2_T1_9C_G.JPG │   │   ├── IFR2_T1_9C_R.JPG │   │   ├── IFR2_T1_9D_G.JPG │   │   ├── IFR2_T1_9D_R.JPG │   │   ├── IFR2_T1_9E_G.JPG │   │   ├── IFR2_T1_9E_R.JPG │   │   ├── IFR2_T1_9F_G.JPG │   │   ├── IFR2_T1_9F_R.JPG │   │   ├── IFR2_T1_9G_G.JPG │   │   └── IFR2_T1_9G_R.JPG │   ├── IFR2_T10 │   │   ├── IFR2_T10_7B_B.jpg │   │   ├── IFR2_T10_7B_G.jpg │   │   ├── IFR2_T10_7C_B.jpg │   │   ├── IFR2_T10_7C_G.jpg │   │   ├── 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│   ├── IFR2_T11_9B_R.jpg │   │   ├── IFR2_T11_9C_G.jpg │   │   ├── IFR2_T11_9C_R.jpg │   │   ├── IFR2_T11_9D_G.jpg │   │   ├── IFR2_T11_9D_R.jpg │   │   ├── IFR2_T11_9E_G.jpg │   │   ├── IFR2_T11_9E_R.jpg │   │   ├── IFR2_T11_9F_G.jpg │   │   ├── IFR2_T11_9F_R.jpg │   │   ├── IFR2_T11_9G_G.jpg │   │   └── IFR2_T11_9G_R.jpg │   ├── IFR2_T12 │   │   ├── IFR2_T12_1A_B.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1A_G.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1A_R.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1B_B.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1B_G.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1B_R.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1C_B.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1C_G.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1C_R.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1D_B.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1D_G.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1D_R.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1E_B.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1E_G.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1E_R.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1F_B.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1F_G.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1F_R.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1G_B.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1G_G.jpg │   │   ├── IFR2_T12_1G_R.jpg │   │   ├── 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│   ├── IFR3_T7_9C_G.jpg │   ├── IFR3_T7_9C_R.jpg │   ├── IFR3_T7_9D_G.jpg │   ├── IFR3_T7_9D_R.jpg │   ├── IFR3_T7_9E_G.jpg │   ├── IFR3_T7_9E_R.jpg │   ├── IFR3_T7_9F_G.jpg │   ├── IFR3_T7_9F_R.jpg │   ├── IFR3_T7_9G_G.jpg │   └── IFR3_T7_9G_R.jpg ├── Figure 5 │   ├── Evolved clone collection │   │   ├── IFR_clones_sorted_ratecorrected.xlsx │   │   └── Support Analysis.py │   ├── Figure5.py │   └── OD600_data │   ├── 070917_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_1ET12_MAXLIB.xlsx │   ├── 07112017_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_9CT12_MAXLIB_rere.xlsx │   ├── 090218_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_T12_1D_MAXLIB_re.xlsx │   ├── 10102017_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_9FT12_MAXLIB_re.xlsx │   ├── 13102017_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_9GT12_MAXLIB_re.xlsx │   ├── 14112017_JD_75_fresh_10mMNO3_IFR2_1FT12_MAXLIB.xlsx │   ├── 15112017_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_1FT12_MAXLIB.xlsx │   ├── 17102017_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_9DT12_MAXLIB_re.xlsx │   ├── 250717_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_9ET12_MAXLIB.xlsx │   ├── 290917_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_T12_1C_MAXLIB_re.xlsx │   └── 31102017_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_9BT12_MAXLIB_rere.xlsx ├── Figure 6 │   ├── Evolved clone collection │   │   ├── IFR_clones_sorted_ratecorrected.xlsx │   │   └── Support Analysis.py │   ├── Figure6.py │   └── OD600_data │   ├── 070917_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_1ET12_MAXLIB.xlsx │   ├── 07112017_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_9CT12_MAXLIB_rere.xlsx │   ├── 090218_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_T12_1D_MAXLIB_re.xlsx │   ├── 10102017_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_9FT12_MAXLIB_re.xlsx │   ├── 13102017_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_9GT12_MAXLIB_re.xlsx │   ├── 14112017_JD_75_fresh_10mMNO3_IFR2_1FT12_MAXLIB.xlsx │   ├── 15112017_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_1FT12_MAXLIB.xlsx │   ├── 17102017_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_9DT12_MAXLIB_re.xlsx │   ├── 250717_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_9ET12_MAXLIB.xlsx │   ├── 290917_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_T12_1C_MAXLIB_re.xlsx │   └── 31102017_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_9BT12_MAXLIB_rere.xlsx ├── Figure 7 │   ├── Bioreactor data │   │   ├── E1A_9CT12_10NO3_BCM_pH65.xlsx │   │   ├── FCM_data │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_1-2018-03-07-112824-4.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_10-2018-03-07-120023-13.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_11-2018-03-07-120356-14.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_12-2018-03-07-120729-15.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_13-2018-03-07-121103-16.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_14-2018-03-07-121436-17.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_15-2018-03-07-121809-18.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_16-2018-03-07-122143-19.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_17-2018-03-07-122516-20.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_18-2018-03-07-122850-21.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_19-2018-03-07-123223-22.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_2-2018-03-07-113157-5.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_20-2018-03-07-123556-23.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_21-2018-03-07-123929-24.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_22-2018-03-07-124302-25.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_23-2018-03-07-124635-26.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_24-2018-03-07-125009-27.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_25-2018-03-07-125342-28.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_26-2018-03-07-125715-29.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_27-2018-03-07-130048-30.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_28-2018-03-07-130421-31.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_29-2018-03-07-131300-1.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_3-2018-03-07-113530-6.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_30-2018-03-07-131634-2.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_31-2018-03-07-132007-3.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_32-2018-03-07-132340-4.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_33-2018-03-07-132713-5.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_34-2018-03-07-133047-6.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_35-2018-03-07-133420-7.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_36-2018-03-07-133753-8.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_37-2018-03-07-134127-9.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_38-2018-03-07-134500-10.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_39-2018-03-07-134833-11.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_4-2018-03-07-113904-7.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_40-2018-03-07-135207-12.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_41-2018-03-07-135541-13.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_42-2018-03-07-135914-14.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_43-2018-03-07-140247-15.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_44-2018-03-07-140620-16.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_45-2018-03-07-140954-17.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_46-2018-03-07-141327-18.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_47-2018-03-07-141701-19.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_48-2018-03-07-142035-20.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_49-2018-03-07-142407-21.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_5-2018-03-07-114237-8.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_50-2018-03-07-142740-22.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_6-2018-03-07-114610-9.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_7-2018-03-07-114943-10.fcs │   │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_8-2018-03-07-115316-11.fcs │   │   │   └── 9CT12_1A_BCM65_10NO3_9-2018-03-07-115650-12.fcs │   │   └── IC_data │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 10_UMIK-SPECORD300_20180304-200411.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 11_UMIK-SPECORD300_20180304-200221.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 12_UMIK-SPECORD300_20180304-200146.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 13_UMIK-SPECORD300_20180304-200110.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 14_UMIK-SPECORD300_20180304-200031.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 15_UMIK-SPECORD300_20180307-100926.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 16_UMIK-SPECORD300_20180307-100846.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 17_UMIK-SPECORD300_20180307-100806.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 18_UMIK-SPECORD300_20180307-100736.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 19_UMIK-SPECORD300_20180307-100709.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 1_UMIK-SPECORD300_20180304-200955.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 20_UMIK-SPECORD300_20180307-100642.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 21_UMIK-SPECORD300_20180307-100442.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 22_UMIK-SPECORD300_20180307-100404.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 23_UMIK-SPECORD300_20180307-100325.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 24_UMIK-SPECORD300_20180307-100247.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 25_UMIK-SPECORD300_20180307-100209.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 26_UMIK-SPECORD300_20180307-100131.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 27_UMIK-SPECORD300_20180307-100053.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 28_UMIK-SPECORD300_20180307-100015.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 29_UMIK-SPECORD300_20180307-095937.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 2_UMIK-SPECORD300_20180304-200916.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 30_UMIK-SPECORD300_20180307-095859.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 31_UMIK-SPECORD300_20180307-095705.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 32_UMIK-SPECORD300_20180307-095627.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 33_UMIK-SPECORD300_20180307-095548.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 34_UMIK-SPECORD300_20180307-095510.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 35_UMIK-SPECORD300_20180307-095432.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 36_UMIK-SPECORD300_20180307-095354.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 37_UMIK-SPECORD300_20180307-095316.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 38_UMIK-SPECORD300_20180307-095238.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 39_UMIK-SPECORD300_20180307-095200.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 3_UMIK-SPECORD300_20180304-200837.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 40_UMIK-SPECORD300_20180307-095122.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 41_UMIK-SPECORD300_20180307-094927.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 42_UMIK-SPECORD300_20180307-094827.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 42_UMIK-SPECORD300_20180307-094905.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 43_UMIK-SPECORD300_20180307-094749.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 44_UMIK-SPECORD300_20180307-094711.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 45_UMIK-SPECORD300_20180307-094632.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 46_UMIK-SPECORD300_20180307-094554.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 47_UMIK-SPECORD300_20180307-094516.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 48_UMIK-SPECORD300_20180307-094438.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 49_UMIK-SPECORD300_20180307-094400.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 4_UMIK-SPECORD300_20180304-200759.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 50_UMIK-SPECORD300_20180307-094322.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 51_UMIK-SPECORD300_20180307-094127.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 52_UMIK-SPECORD300_20180307-094049.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 53_UMIK-SPECORD300_20180307-094011.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 54_UMIK-SPECORD300_20180307-093933.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 5_UMIK-SPECORD300_20180304-200721.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 6_UMIK-SPECORD300_20180304-200642.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 7_UMIK-SPECORD300_20180304-200604.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 8_UMIK-SPECORD300_20180304-200527.txt │   │   ├── 9CT12 1A, 1#25 in 0.1% GTA, 10 mM NO3, BCM pH6.5 9_UMIK-SPECORD300_20180304-200449.txt │   │   ├── 9CT12_1A_BCM65_10NO3 (all).mat │   │   ├── IC_raw_import_and_analysis.m │   │   ├── STD │   │   │   ├── BCM pH6.5 0 mM STD_UMIK-SPECORD300_20180307-093707.txt │   │   │   ├── BCM pH6.5 0 mM STD_UMIK-SPECORD300_20180307-093745.txt │   │   │   ├── BCM pH6.5 1 mM STD_UMIK-SPECORD300_20180307-093821.txt │   │   │   ├── BCM pH6.5 1 mM STD_UMIK-SPECORD300_20180307-093857.txt │   │   │   ├── BCM pH6.5 2 mM STD_UMIK-SPECORD300_20180307-094205.txt │   │   │   ├── BCM pH6.5 2 mM STD_UMIK-SPECORD300_20180307-094244.txt │   │   │   ├── BCM pH6.5 4 mM STD_UMIK-SPECORD300_20180307-095005.txt │   │   │   ├── BCM pH6.5 4 mM STD_UMIK-SPECORD300_20180307-095044.txt │   │   │   ├── BCM pH6.5 6 mM STD_UMIK-SPECORD300_20180307-095743.txt │   │   │   ├── BCM pH6.5 6 mM STD_UMIK-SPECORD300_20180307-095821.txt │   │   │   ├── BCM pH6.5 8 mM STD_UMIK-SPECORD300_20180307-100524.txt │   │   │   └── BCM pH6.5 8 mM STD_UMIK-SPECORD300_20180307-100600.txt │   │   └── SampleProcessing.m │   └── Figure7.py ├── Figure SI1 │   ├── FigureSI1.py │   └── Growth curves data │   └── Founder Screening │   ├── 080916_JD_NO3_160x_plate1.xlsx │   ├── 090916_JD_O2_160x_plate1.xlsx │   ├── Analysis_080916_JD_160x_O2_plate1.m │   ├── Analysis_090916_JD_160x_NO3_plate1.m │   ├── Founders - Growth on NO3 unprocessed.svg │   ├── Founders - Growth on O2 and NO3.svg │   ├── Founders - Growth on O2 unprocessed.svg │   ├── data_correction.m │   ├── growth_rate_window_fit_data.m │   ├── plot_OD_vs_t.m │   ├── plot_mu_vs_OD.m │   └── read_raw_data.m ├── Figure SI2 │   ├── Bioreactor data │   │   ├── A1601_10NO3_BCM_pH65.xlsx │   │   ├── A1601_10NO3_BCM_pH75.xlsx │   │   ├── A1601_5NO3_BCM_pH65.xlsx │   │   ├── FCM_data │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_1-2018-03-07-150001-1.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_10-2018-03-07-153201-10.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_11-2018-03-07-153535-11.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_12-2018-03-07-153908-12.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_13-2018-03-07-154241-13.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_14-2018-03-07-154615-14.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_15-2018-03-07-154948-15.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_16-2018-03-07-155321-16.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_17-2018-03-07-155655-17.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_18-2018-03-07-160028-18.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_19-2018-03-07-160401-19.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_2-2018-03-07-150335-2.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_20-2018-03-07-160735-20.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_21-2018-03-07-161108-21.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_22-2018-03-07-161441-22.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_23-2018-03-07-161815-23.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_24-2018-03-07-162148-24.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_25-2018-03-07-162521-25.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_26-2018-03-07-162854-26.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_27-2018-03-07-163228-27.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_28-2018-03-07-163601-28.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_29-2018-03-07-163935-29.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_3-2018-03-07-150708-3.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_30-2018-03-07-164308-30.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_31-2018-03-07-164848-1.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_32-2018-03-07-165221-2.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_33-2018-03-07-165555-3.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_34-2018-03-07-165928-4.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_35-2018-03-07-170301-5.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_36-2018-03-07-170635-6.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_37-2018-03-07-171008-7.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_38-2018-03-07-171342-8.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_39-2018-03-07-171715-9.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_4-2018-03-07-151041-4.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_40-2018-03-07-172048-10.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_41-2018-03-07-172422-11.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_42-2018-03-07-172755-12.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_43-2018-03-07-173128-13.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_5-2018-03-07-151414-5.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_6-2018-03-07-151747-6.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_7-2018-03-07-152121-7.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_8-2018-03-07-152454-8.fcs │   │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3_050318_9-2018-03-07-152827-9.fcs │   │   │   ├── 2017-10-04_1601Tn7_BCM6.5_5mMNO3_27092017_1to600_50ul.c6 │   │   │   ├── 2017-10-04_1601Tn7_BCM7.5_10mMNO3_03102017_1to600_50ul.c6 │   │   │   └── 2017-10-05_1601Tn7_BCM6.5_5mMNO3_27092017_1to600_50ul_plate2.c6 │   │   └── IC_data │   │   ├── 1601Tn7_BCM65_10NO3 │   │   │   ├── 1601 Tn7 032018 (1).txt 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-78e38793#15f01c2059a#-7f3d_UMIK-METROHM-IC_20171016-161728.txt │   │   │   ├── -78e38793#15f01c2059a#-7f4c_UMIK-METROHM-IC_20171016-161745.txt │   │   │   ├── -78e38793#15f01c2059a#-7f5b_UMIK-METROHM-IC_20171016-161801.txt │   │   │   ├── -78e38793#15f01c2059a#-7f6a_UMIK-METROHM-IC_20171016-161818.txt │   │   │   └── STD │   │   │   ├── -78e38793#15f01c2059a#-7a06_UMIK-METROHM-IC_20171016-155245.txt │   │   │   ├── -78e38793#15f01c2059a#-7a15_UMIK-METROHM-IC_20171016-155301.txt │   │   │   ├── -78e38793#15f01c2059a#-7a24_UMIK-METROHM-IC_20171016-155318.txt │   │   │   ├── -78e38793#15f01c2059a#-7ae7_UMIK-METROHM-IC_20171016-155654.txt │   │   │   ├── -78e38793#15f01c2059a#-7af6_UMIK-METROHM-IC_20171016-155711.txt │   │   │   ├── -78e38793#15f01c2059a#-7c6d_UMIK-METROHM-IC_20171016-160409.txt │   │   │   ├── -78e38793#15f01c2059a#-7c7c_UMIK-METROHM-IC_20171016-160426.txt │   │   │   ├── -78e38793#15f01c2059a#-7df3_UMIK-METROHM-IC_20171016-161124.txt │   │   │   ├── -78e38793#15f01c2059a#-7e02_UMIK-METROHM-IC_20171016-161141.txt │   │   │   ├── -78e38793#15f01c2059a#-7f79_UMIK-METROHM-IC_20171016-161834.txt │   │   │   ├── -78e38793#15f01c2059a#-7f88_UMIK-METROHM-IC_20171016-161851.txt │   │   │   ├── -78e38793#15f01c2059a#-7f97_UMIK-METROHM-IC_20171016-161907.txt │   │   │   └── -78e38793#15f01c2059a#-7fa6_UMIK-METROHM-IC_20171016-161924.txt │   │   ├── IC_raw_import_and_analysis.m │   │   └── SampleProcessing.m │   └── FigureSI2.py ├── Figure SI3 │   ├── ColonyAnalysis_RED_and_BLUE_OK.m │   ├── IMG_0811.JPG │   ├── IMG_0814.JPG │   ├── IMG_0820.JPG │   ├── Zoomin1.jpg │   ├── Zoomin2.jpg │   └── Zoomout.jpg ├── Figure SI4 │   ├── FigureS4.py │   └── Growth curves data │   ├── NO3 vs pH vs NO2 availability │   │   └── 150916_JD_NO3_1601Tn7.xlsx │   └── Sequenced Strains │   └── OD600_sequencedStrains.xlsx ├── Figure SI5 │   └── FigureSI5.py ├── Figure SI6 │   ├── Exposure to nitrite │   │   └── NO2_availablity_data.xlsx │   ├── FigureSI6.py │   └── OD600_data │   ├── 011216_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T5_to_T6.xlsx │   ├── 021216_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T6_to_T7.xlsx │   ├── 031216_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T7_to_T8.xlsx │   ├── 051216_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T8_to_T9.xlsx │   ├── 061216_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T9_to_T10.xlsx │   ├── 071216_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T10_to_T11.xlsx │   ├── 081216_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T11_to_T12.xlsx │   ├── 091216_JD_7.5_10mMNO3_IFR3_T0_to_T1.xlsx │   ├── 101216_JD_7.5_10mMNO3_IFR3_T1_to_T2.xlsx │   ├── 111216_JD_7.5_10mMNO3_IFR3_T2_to_T3.xlsx │   ├── 121216_JD_7.5_10mMNO3_IFR3_T3_to_T4.xlsx │   ├── 131216_JD_7.5_10mMNO3_IFR3_T4_to_T5.xlsx │   ├── 141216_JD_7.5_10mMNO3_IFR3_T5_to_T6.xlsx │   ├── 151216_JD_7.5_10mMNO3_IFR3_T6_to_T7.xlsx │   ├── 171116_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T0_to_T1.xlsx │   ├── 211116_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T1_to_T2.xlsx │   ├── 231116_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T2_to_T3.xlsx │   ├── 261116_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T3_to_T4.xlsx │   └── 301116_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T4_to_T5.xlsx ├── Figure SI7 │   ├── IFR2_T0_7B_B.JPG │   ├── IFR2_T0_7B_G.JPG │   ├── IFR2_T0_9B_G.JPG │   ├── IFR2_T0_9B_R.JPG │   ├── IFR2_T12_7B_B.jpg │   ├── IFR2_T12_7B_G.jpg │   ├── IFR2_T12_9B_G.jpg │   ├── IFR2_T12_9B_R.jpg │   ├── IFR2_T3_7B_B.JPG │   ├── IFR2_T3_7B_G.JPG │   ├── IFR2_T3_9B_G.JPG │   └── IFR2_T3_9B_R.JPG ├── Figure SI8 │   ├── Growth curves data │   │   ├── Experiment Monitoring │   │   │   ├── 011216_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T5_to_T6.xlsx │   │   │   ├── 021216_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T6_to_T7.xlsx │   │   │   ├── 031216_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T7_to_T8.xlsx │   │   │   ├── 051216_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T8_to_T9.xlsx │   │   │   ├── 061216_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T9_to_T10.xlsx │   │   │   ├── 071216_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T10_to_T11.xlsx │   │   │   ├── 081216_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T11_to_T12.xlsx │   │   │   ├── 091216_JD_7.5_10mMNO3_IFR3_T0_to_T1.xlsx │   │   │   ├── 101216_JD_7.5_10mMNO3_IFR3_T1_to_T2.xlsx │   │   │   ├── 111216_JD_7.5_10mMNO3_IFR3_T2_to_T3.xlsx │   │   │   ├── 121216_JD_7.5_10mMNO3_IFR3_T3_to_T4.xlsx │   │   │   ├── 131216_JD_7.5_10mMNO3_IFR3_T4_to_T5.xlsx │   │   │   ├── 141216_JD_7.5_10mMNO3_IFR3_T5_to_T6.xlsx │   │   │   ├── 151216_JD_7.5_10mMNO3_IFR3_T6_to_T7.xlsx │   │   │   ├── 171116_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T0_to_T1.xlsx │   │   │   ├── 211116_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T1_to_T2.xlsx │   │   │   ├── 231116_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T2_to_T3.xlsx │   │   │   ├── 261116_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T3_to_T4.xlsx │   │   │   └── 301116_JD_6.5_10mMNO3_IFR2_T4_to_T5.xlsx │   │   ├── Founder Screening │   │   │   ├── 080916_JD_NO3_160x_plate1.xlsx │   │   │   └── 090916_JD_O2_160x_plate1.xlsx │   │   ├── NO3 vs pH vs NO2 availability │   │   │   └── 150916_JD_NO3_1601Tn7.xlsx │   │   ├── Population Analysis │   │   │   ├── 070917_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_1ET12_MAXLIB.xlsx │   │   │   ├── 07112017_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_9CT12_MAXLIB_rere.xlsx │   │   │   ├── 090218_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_T12_1D_MAXLIB_re.xlsx │   │   │   ├── 10102017_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_9FT12_MAXLIB_re.xlsx │   │   │   ├── 13102017_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_9GT12_MAXLIB_re.xlsx │   │   │   ├── 14112017_JD_75_fresh_10mMNO3_IFR2_1FT12_MAXLIB.xlsx │   │   │   ├── 15112017_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_1FT12_MAXLIB.xlsx │   │   │   ├── 17102017_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_9DT12_MAXLIB_re.xlsx │   │   │   ├── 250717_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_9ET12_MAXLIB.xlsx │   │   │   ├── 290917_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_T12_1C_MAXLIB_re.xlsx │   │   │   └── 31102017_JD_65_fresh_10mMNO3_IFR2_9BT12_MAXLIB_rere.xlsx │   │   └── Sequenced Strains │   │   └── OD600_sequencedStrains.xlsx │   └── OD600 analysis.py ├── Figure SI9 │   └── FigureSI9.py └── Table S2    ├── Microbe.1.0.xlsx    ├── Microbe.1.0_DJ_080721.xlsx    ├── SRA_metadata.xlsx    └── SRA_metadata_DJ_080721.xlsx 76 directories, 1356 files